为加强藏传佛教寺院管理，建立有序、依法、管用、和谐的寺院管理长效机制，青海省藏传佛教寺院积极探索、创新管理，采取共同管理、协助管理和自主管理三种方式，将寺院管理和稳定状况进行动态调整。

共同管理是指建立以以僧尼为主体、寺院管理干部为主导、以部分乡村干部和“三老”人员为成员的寺管会，共同履行对寺院的管理和服务职能。共同管理方式适用于规模和影响大、境内外政治背景复杂及内部管理混乱、曾发生不稳定事件、存在重大不稳定隐患等问题的寺院。这类寺院各地按属地管理原则，结合寺院分类评估结果，从严掌握，自主确定。

协助管理是指各地佛协向寺管会委派组成人员参与寺院管理。

佛协委派人员原则上担任寺管会副主任或成员。协助管理方式适用于寺院管理难度较大、民管会班子软弱无力、难以有效履职、不稳定隐患较多的寺院。主要指综合评估中的三类寺院及部分县管寺院。

自主管理是指依照属地管理原则，在当地政府宗教事务部门和相关职能部门的指导督查下，寺院民管会对寺院内部事务实行自我管理。自主管理的寺院由乡镇政府派干部作为寺院管理指导员，加强与寺院联系，履行指导、管理、服务和监督检查的职能。自主管理方式适用于寺院运转良好、管理较为规范且长期保持稳定的寺院。主要指寺院综合评估中的一、二类寺院。